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該計畫將「中美荷日公藏臺灣史檔案手稿資料之搜集、整理與聯合目錄之編製及殖民地時期台灣歷史合作研究計畫」所整編的文獻目錄出版,共計13冊。其中包含臺灣大學藏伊能文庫目錄、軍機處月摺檔、宮中檔、內閣大庫檔、荷蘭東印度公司相關檔案、日本總督府公文類纂、外務省紀錄、舊陸、海軍關係文書、美國外交檔、陸軍部、海軍部、戰爭部、及陸軍空戰隊檔案、參謀長聯席會議、英美聯合參謀長會議檔案、聯合聯合國救濟及改善執行組檔案、大社岸裡文書等。這套目錄可謂1990年代的臺灣史一手史料大百科,為研究者提供資料檢索上的便利。